Les momies de Guanajuato proviennent de la momification naturelle d'un certain nombre de cadavres. Ces cadavres auraient été inhumés lors d'une épidémie de Choléra en 1833, puis ils auraient ensuite été exhumés entre 1865 et 1958 (à cette époque, suite à la mise en place d'un impôt local s'appliquant aux familles de défunts, l'exhumation aurait alors concerné les familles n'ayant pas pu payer cet impôt). En raison des conditions climatiques locales (région très chaude et sèche), il est alors apparu que les corps avaient été momifiés naturellement. Les touristes commencèrent alors à affluer puis l'endroit fût transformé en musée en 1894. Ce musée accueille aujourd'hui plus de 120 momies naturelles.